Хак аркадной версии игры известной как Zeus Edition, заменяет Страйкера и Шанг Цунга на Нуб-Сайбота и Смоука-человека на экране выбора бойцов. Однако Нуб-Сайбот не имеет спецприймов и добиваний, а Смоук-человек может быть открыт и в обычной версии Ultimate Mortal Kombat 3 через специальную комбинацию.

Один из наиболее популярных хаков Ultimate Mortal Kombat 3 в сети известен, как Ultimate Mortal Kombat Trilogy. Этот хак был создан белорусским хакером Kabal, который использовал версию UMK3 для Сеги Генезис в качестве шаблона. Хак включает всех персонажей и все версии персонажей, которые появлялись в двухмерных играх серии (кроме версии Нуб-Сайбота из МК3). Все персонажи получили новые спецприёмы, добивания и комбо, а также новые режимы битвы.

Mortal Kombat Revelations - хак для Sega Genesis, похожий на описанный выше, создал хакер Smoke. В Ultimate Mortal Kombat 3 были добавлены Хамелеон, Камелион, Шива, все бойцы из МК2 (кроме Джонни Кейджа, взятого из MKT), а также Кано, Соня и Рейден из МК1. Также были добавлены нарисованный Куан Чи, чьи спрайты были взяты из Mortal Kombat Mythologies: Sub-Zero и доработаны (однако приёмы у него не такие, как в МК4). Также был добавлен совершенно новый боец Гидро - синий киборг-ниндзя, похожий на Сектора. Его спрайты и приёмы были взяты из фанатской игры Mortal Kombat Project на движке Mugen.