Эта версия основана на версии Mortal Kombat 3 для Windows и PlayStation и имеет такую же графику и основные меню. Также в игре есть элементы из МК3 убраные в оригинальной аркадной версии игры. Уровень «Банк» присутствует в этой версии. Шанг Цунг получил возможность превращаться в Смоука-киборга, что было невозможно в аркадном оригинале. Секретных персонажей можно было открыть при помощи секретных опций, что делало не нужным ввод трёх различных кодов для открытия каждого бойца. Этот способ намного быстрее, тем более, что секретные бойцы не сохраняются открытыми после выключения приставки. Ультимейт Комбат Коды были укорочены до шести символов, вместо десяти, видимо, для того, чтобы их можно было набирать на одном джойстике.

Также в игре были некоторые другие отличия от оригинальной версии: было добавлено несколько новых Комбат Кодов, но некоторые Коды из аркадной Ultimate Mortal Kombat 3 перестали работать. Нуб-Сайбот снова является закрашенным чёрным Кано в этой версии. Поскольку в игре нет ролика с демонстрацией геймплея, то Рейн в игре вообще не появляется, однако секретное сообщение (открываемое при помощи Комбат Кода) «Рейн может быть найден на кладбище» всё ещё в игре. Просмотр Высшей Демонстрации добиваний может занять 30 минут, поскольку Сатурн будет считывать информацию о каждом добивании с диска. Это приводит к остановке игры на время загрузки. Когда демонстрация происходит на уровне на котором есть анимация, то бойцы останавливаются, а анимация на уровне продолжает работать.

Супер Нинтендо

Из-за небольшого размера картриджа порт Ultimate Mortal Kombat 3 для СНЕС претерпел существенные изменения в отличие от порта на Сегу Сатурн. Было добавлено новое добивание Бруталити (новая форма добивания, которая позволяла игроку сделать очень длинную цепочку ударов после которой противник взрывался). Рейн и Нуб-сайбот впервые были сделаны доступными для игры персонажами, хотя они очень не сбалансированы и у них нет «полноценных» добиваний (бруталити и фоновые добивания — не в счёт). Мелина, Ермак и Классический Саб-Зиро доступны для игры с самого начала. Моторо и Шао Кан также иогут быть открыты для игры, в режиме для двух игроков, но только один игрок может выбрать босса. Также в игру были включены четыре секретных меню, позволяющие радикально изменять геймплей.

Для того, чтобы уместить игру на картридж СНЕС большое количество содержимого было вырезано. Шао Кан больше не объявляет имена персонажей. Все уровни из МК3, кроме двух (Крыша и Яма 3) отсутствуют. Эти два уровня используются только в битвах с боссами. Шива была убрана из игры, однако в режиме турнира «8 против 8», если использовать случайный выбор игроков, нажав «Вверх»+«Старт», вместо некоторых портретов персонажей будет появляться иконка с буквой «Е», которая по сути представляет Шиву. Все спрайты персонажа убраны из игры (вместо них появляются обрывки спрайтов от оружий других персонажей или точки), но большая часть её движений, включая Фаталити, работает. Большая часть её спецприёмов, особенно броски, будет приводить к зависанию игры. «Потерянные Сокровища Кана» содержат всего десять ячеек, вместо двенадцати. Уровень «Спрятанный Портал» на котором в Mortal Kombat 3 происходила битва со Смоуком существует в игре, но графика была заменена на синий портал с экрана Choose Your Destiny. Музыка на уровне та же, что и в Mortal Kombat 3. Получить доступ к этому уровню можно только с помощью Game Genie. Соня использует версию своего Френдшипа из МК3. Одно из Фаталити Скорпиона отличается от того, что было в аркадной версии игры — вместо, чтобы призывать армию своих двойников, Скорпион переносит противника на уровень Логово Скорпиона, где тот загорается и взрывается. Также в игре в отличие от Ultimate Mortal Kombat 3 на Сеге нет биосов Мелины, Классического Саб-Зиро и нет концовки Рейна.

Сега Генезис / Мега Драйв

Из-за ограниченных возможностей приставки графика и звук в этой версии хуже, чем в Ultimate Mortal Kombat 3 на СНЕС. Как и в версии для СНЕС Рейн и Нуб-сайбот доступны для игры. Мотаро и Шао Кана можно выбрать в режиме игры для двух игроков, используя секретные опции. Милина, Ермак и Классический Саб-Зиро открыты для игры без введения кодов. Бруталити также включены в эту версию. Шанг Цунг может превращаться в Смоука-киборга, Рейна и Нуб-сайбота, что невозможно в аркадной игре. В этой версии также есть миниигра Понг, названная МК4, которая уже появлялась в МК3 на Сеге Генезис.

Из-за нехватки места на картридже некоторые элементы игры были убраны. Полностю убраны Анималити, причем в секретных опциях, открывающихся с помощью кодов, при выборе функции "Добивание с одного удара" Animality присутствует в списке. Сокровища Шао Кана состоят из десяти ячеек, а не из двенадцати. Шао Кан больше не произносит имена бойцов. Некоторые уровни из МК3 отсутствуют, например Балкон и Улица, поэтому делая апперкот на аренах Метро и Палата Душ противник никуда не вылетает. Хотя уровень Колокольня убран, фоновое Фаталити от этой арены все ещё существует в коде игры и может быть выполнено. Режим на Выносливость (Endurance Mode) тоже остался в коде и доступ к нему можно получить с помощью Game Genie. Также в игре есть незаконченная версия Хамелиона, бойца, который впервые в законченном виде появился только в МКТ для PS1 и PC. Соня использует версию Френдшипа из МК3. Одно из Фаталити Скорпиона отличается от того, что было в аркадной версии игры — вместо, чтобы призывать армию своих двойников, Скорпион переносит противника на уровень Логово Скорпиона, где тот загорается и взрывается. У Смоука-Человека те же комбо, что и у Скорпиона.

Xbox 360 (Xbox Live Arcade)

По сути это больше эмуляция игры, чем порт, поэтому в этой версии очень немного отличий от оригинала. Добавлена поддержка онлайн игры. Были созданы таблицы игроков, позволяющие видеть струтктуру сети. Размер экрана можно изменить между 4:3 и 16:9 для различных типов телевизоров. Открываемы Достижения (Achievements) также были добавлены в игру. Рейтинг GameSpot «Best and Worst of 2006» назвал Ultimate Mortal Kombat 3 на X-ВОХ 360 лучшим файтингом года.

Из-за путаницы игра была открыта для скачки в пятницу вечером 20 октября 2006 года. Через 20 минут доступ к закачке игры был закрыт. Согласно Директору по Планированию сервиса XBox Live, Мейджеру Нельсону, было собрано внеплановое совещание, чтобы обсудить с датой релиза игры, поскольку некоторые геймеры уже успели заплатить за игру. Решение было принято выпустить игру в субботу утром, на четыре дня раньше срока намеченного релиза. До нынешнего момента Ultimate Mortal Kombat 3 остаётся единственной, после запуска сервиса X-BOX Live Arcade Game, которая была выпущена не в среду.

Mortal Kombat Advance

Эта версия представляет из себя порт Ultimate Mortal Kombat 3 для Game Boy Advance. Список бойцов иакой же, как и в версиях для СНЕС и Сеги Генезис. Поскольку на GBA было на две кнопки меньше, чем использовались в обычном управлении УМК3, некоторые комбинации кнопок были изменены или объединены. Уровень жестокости в игре был несколько снижен, из-за более молодой фанбазы использующей ГБА (несмотря на это игра получила рейтинг «М for Mature»). В этой версии Ultimate Mortal Kombat 3 крови меньше, чем в остальных.

У каждого персонажа (кроме Нуб-Сайбота и боссов) по одному Фаталити и Френдшипу). Трое скрытых могут быть открыты игроком в случае прохождения любого из столюика с бойцами, за исключением с уровнем «Новичок». Скрытые персонажи в игре: Шао Кан (столбик «Гранд Мастер»), Мотаро (столбик «Мастер»), Смуок-человек (столбик «Воин»).

МК Адванс был резко окритикован и фанатами и журналистами. Некоторые игроки утверждали, что сложность интеллекта противников возросла слишком сильно, по сравнению с Ultimate Mortal Kombat 3, и что компьютерные оппоненты делают слишком длинные и сложные комбо. Редактор Ден Хсу их журнала Electronic Gaming Monthly дал игре первый в истории журнала рейтинг «0». Сейчас игра имеет рейтинг 34 % на Game Rankings и считается худшей в серии.

Mortal Kombat: Armageddon

Почти точный порт Ultimate Mortal Kombat 3 вошёл в состав первого диска Премиум Издания Mortal Kombat: Armageddon. Эта версия немного медленее аркадной версии и некоторые приёмы и комбо работают менее эффективно, чем в оригинале. После открытия Ермака, Милины и Классического Саб-Зиро при помощи Ультимейт Комбат Кодов, эти персонажи не остаются открытыми после игры.

Из-за проблем с эмуляцией, тело Смоука-человека становится полупрозрачным в первом поединке. После первого боя проблема исчезает.

Ultimate Mortal Kombat

27 июня 2007, со-создатель МК Эд Бун официально подтвердил порт Ultimate Mortal Kombat 3 для приставки Нинтендо ДС, названный Ултимейт Мортал Комбат. Игра почти точный порт аркадной версии и включает в себя возможность игры по Wi-Fi и Puzzle Kombat из Mortal Kombat: Deception. Игра была выпущена 12 ноября и получила рейтинг M for Mature.